7. oktober 2001 (knapt en måned efter angrebet på World Trade Center og USA) startede de amerikanske bombeangreb i Afghanistan på Taleban- og al-Qaeda-mål. I løbet af krigshandlingerne bliver en stor mængde mistænkte tilbageholdt af amerikanerne, og i januar 2002 blev de første fanger overflyttet til Guantanamo-basen på Cuba.
I slutningen af januar 2002 kom det desuden frem, at der blandt de tilfangetagne Taleban- og al-Qaeda-mistænkte er en dansk-algiersk statsborger. Han overførtes til Guantanamo-basen, der nu huser omkring 600 fanger, 8. februar 2002. Slimane Hadj Abderrahmane, den dansk-algierske statsborger, nåede at sidde interneret på basen i 2 år før det lykkedes den danske regering at indgå en aftale med USA om frigivelse ham. Aftalen blev offentliggjort 19. februar 2004. Han er ikke blevet dømt, han vil ikke blive retsforfulgt, men Danmark har forpligtet sig til at overvåge den løsladte.
EU parlamentet har i 2006 vedtaget en resolution, der opfordrer USA til at lukke den amerikanske Guantanamo fangelejr på Cuba, eller stille de omkring 500 fanger for en dommer.
Både den britiske, franske og tyske ambassadør i Washington har desuden opfordret USA til at lukke sin lejr på Guantánamobasen i Cuba efter en FN-rapport i februar 2006 skarpt kritiserede forholdene på basen. FN-rapporten kræver, at USA lukker det omstridte fængsel på den cubanske Guantanamo-base "uden yderligere forsinkelse". Rapporten kræver desuden, at fangerne stilles for en dommer eller løslades.
Tyslands kansler, Angela Merkel, sagde i et interview med det tyske tidsskrift Der Spiegel i januar, at hun vil bede USA's præsident, George W. Bush, om at lukke fængslet for såkaldt "ulovlige kombattanter" på Guantanamobasen i Cuba.
Flådebasen har været under amerikansk kontrol i mere end 100 år og er en af USA's bedst sikrede baser på grund af den mulige trussel fra Cuba.
Der bor omkring 7.000 mennesker, heraf 3.500 med tilknytning til den amerikanske flåde. Basen har tidligere spillet en rolle i amerikansk storpolitik, blandt andet under missilkrisen i 1962. Den husede i midten af 1990'erne tusinder af flygtende cubanere og haitianere.
Taleban- og al-Qaeda-fangerne blev først holdt fanget i metalbure i den såkaldte Camp X-Ray, men 28.-29. april blev fangerne flyttet til nyopførte barakker i Camp Delta, fem kilometer fra Camp X-Ray. Cellerne er lukket til tre sider, og dermed har man gjort det sværere for fangerne at kommunikere indbyrdes. Til gengæld er der toilet i cellerne.
USA har valgt Guantanamo-basen til fangerne, fordi den ligger uden for amerikansk territorium og dermed ikke er omfattet af amerikansk lovgivning. I dag befinder der sig omkring 500 fanger på Camp Delta, der kan udbygges til at huse 2.000 fanger, hvis USA udvider krigen mod terrorisme og får et større behov.
Hvert år sender USAs regering 4.085 dollars for leje af området. Siden 1960 har Cuba krævet basen frigivet og nægter at modtage den aftalte lejeafgift fra USA.
USA hævder, at fangerne ikke omfattes af Genève-konventionens definition af krigsfanger, fordi de hverken hørte til Afghanistans regulære styrker eller kan betragtes som frivillige styrker, og fordi de hverken bar uniform eller synlige våben, og derfor ikke har krav på at blive behandlet som krigsfanger. Den udlægning kan kun be- eller afkræftes ved at gennemgå den enkelte fanges tilfælde. USA har valgt at benytte det nye begreb "ulovlige kombattanter" om fangerne.
Når de tilbageholdte ikke har status af krigsfanger, er de ikke beskyttet af Genèvekonventionen. Bl.a. har de ikke ret til at blive tilset af Internationalt Røde Kors, ligesom de ikke kan påberåbe sig reglerne for afhøring af krigsfanger. Dette synspunkt bestrides af bl.a. af USA's allierede, og en række FN-organer.
Til gengæld er fangerne omfattet af folkerettens krav om overholdelse af menneskerettighederne: tilbageholdelse under humane forhold og retfærdig rettergang. Fangerne vil muligvis blive stillet for en amerikansk militærdomstol, hvor de vil blive anklaget for overtrædelse af reglerne for krigsførelse.